Como órgão executor de ensino, a Comissão de Residência Médica - COREME planeja, coordena e supervisiona os programas de residência médica de forma integrada com a assistência aos pacientes. Dessa forma, ela garante que a especialização profissional seja pautada pelo rigor técnico-científico, pela ética médica e pela dedicação à comunidade.

A Santa Casa de Assis possui programas de residências médicas nas especialidades de Anestesiologia, Cardiologia, Oftalmologia, Clínica Médica e Cirurgia Geral. Com essas aprovações, a instituição amplia significativamente seu papel como campo de ensino.

As especialidades mais recentes são oferecidas em parceria com grandes instituições, como o Instituto Suel, o Instituto de Oftalmologia de Assis (IOA) e a Fundação Educacional do Município de Assis (FEMA), fortalecendo o vínculo entre assistência e ensino em benefício da população de toda a região.